Ohjelmat voidaan käynnistää automaattisesti kahdella tavalla, kun ne käynnistetään Windowsissa 3.11.

Luo ensin kuvake, jonka haluat aloittaa. Voit myös kopioida sen, minkä haluat käynnistää, ja sijoittaa sen ohjelmanhallinnan käynnistysryhmään . Käynnistysryhmässä kaikki käynnistyy automaattisesti, kun Windows käynnistyy aina.

Vaihtoehtoisesti voit lisätä MS-DOS: sta kirjoittamalla voit ohjelman, jonka haluat suorittaa komennon jälkeen. Esimerkiksi kirjoittamalla win notepad -ohjelma suoritetaan Windows ja käynnistetään notepad automaattisesti.