Windows ME on päivitys Windows 9x: ään ja suurin osa Windows 95: n ja Windows 98: n ohjelmistoista toimii Windows ME: n kanssa. Sanomme "enemmistön", koska ohjelmisto, kuten virustentorjuntaohjelma tai muu Windows 9x: lle suunniteltu apuohjelma, ei toimi (tai toimi hyvin) Windows ME: ssä. Tiedoston rakenne ja määritystiedostot ovat muuttuneet hieman Windows ME: ssä. Pelit, ohjelmat ja muut ohjelmistot toimivat kuitenkin Windows ME: ssä. Jos ohjelmisto ei toimi, sen pitäisi olla päivitetty, jotta se toimii.